Музей археологии является составной частью Череповецкого музейного объединения. Сборы археологических материалов Череповецкий краеведческий музей, впоследствии Череповецкое музейное объединение, осуществляет с конца XIX в. В 20- е гг. XX в. музей осуществляет первые археологические исследования на территории края. В 30- 70- х гг.XX в. музей сотрудничает с археологами ведущих исследовательских центров страны - Государственного исторического музея (ГИМ), Института археологии Академии наук.

Череповецкий краеведческий музей был основан в 1896 году. Одними из первых его коллекций были природоведческие коллекции. Гербарии М.Д.Коровина, Петрова, А.Лашкевича, А.Антонова – старейшие экспонаты – раритеты нашего музея, а поступившие в начале века энтомологические коллекции Ю.Цехановича и в настоящее время соответствуют современным научным требованиям.