Череповецкий краеведческий музей был основан в 1896 году. Одними из первых его коллекций были природоведческие коллекции. Гербарии М.Д.Коровина, Петрова, А.Лашкевича, А.Антонова – старейшие экспонаты – раритеты нашего музея, а поступившие в начале века энтомологические коллекции Ю.Цехановича и в настоящее время соответствуют современным научным требованиям.

С 1907 года стала формироваться палеонтологическая коллекция музея. Именно тогда при строительстве гавани на реке Ягорбе были найдены многочисленные кости ископаемых животных. Эта коллекция значительно пополнилась в 40-70-е годы, когда осуществлялось строительство металлургического завода. Кости мамонтов, овцебыков, бизонов поступали из строительных карьеров и котлованов. В 20-е годы двадцатого столетия благодаря бурному развитию краеведческого движения в изучение края включилось множество местных энтузиастов. Музей организовывал экспедиции по изучению флоры и фауны. Благодаря сотрудничеству с Геологическим комитетом произведены геологические изыскания, изучены месторождения строительных материалов. Так музей пополнялся новыми экспонатами: гербариями, чучелами зверей и рыб, минералами и горными породами.

В 1936 году при музее был организован опытный участок краеведов-ботаников. Он использовался для пропаганды идей И.В.Мичурина, новой агротехники, стал продолжением экспозиции и включал в себя сад непрерывного цветения, плодовый сад, теплицы и выставочный павильон. В дальнейшем коллекции музея расширялись как за счет экспедиционных сборов и работы препараторов, так и за счет даров жителей нашего города. Отдельные коллекции, такие как коллекции моллюсков А.И.Волковой или коллекция муляжей грибов А.Ф.Манаева приобретались с целью формирования выставочного фонда.

Научно-вспомогательный фонд представлен большим собранием фотографий и негативов, авторы которых М.В.Березовский, В.Н.Михайлов, Н.Д.Шкуропадский и многие др. Они не только учавствовали во многих конкурсах, но и печатались в журналах, их работы использовались для иллюстрации книг и альбомов по природе России. Общее количество экспонатов приближается к 30 тысячам.

В настоящее время музей природы находится на втором этаже дома номер 32 по проспекту Луначарского. Общая площадь составляет 500 кв.м, экспозиционная – 360 кв.м, фондохранилище занимает 108 кв.м. Есть небольшое помещение для занятий детского лектория. Экспозиция построена к 100-летию музея в г.Череповце. Она отражает природные особенности Череповецкого района, рассказывает о местной флоре и фауне. На базе экспозиции и коллекций из запасников проводится большая работа с посетителями – преимущественно школьниками и студентами. Научными сотрудниками проводятся экскурсии, лекции, беседы по 40 различным природоведческим темам, выставки, экологические праздники, семинары и др. мероприятия.